「サムライツ®」の弁理士、保屋野です。
ホールフーズ・マーケットといえば、アメリカやカナダ等で比較的高級路線の小売店として知られています。
実はホールフーズ・マーケット、昨年6月にAmazon.comによって買収されています。
ネット販売の王者であるAmazonが、リアル店舗のチェーンを買収したということで、ネットとリアルの小売業界を飲み込む超巨大小売業となりつつあるというわけですね。
ようするに、ホールフーズはAmazonの子会社ということになるのですが、
日本にホールフーズ名義で「WHOLE／FOODS」の商標権を持っています。
（ただし、なぜか小売等役務の分野ではなく商品分野のみ）
一方、親会社のAmazonも最近、「WHOLE／FOODS」の商標出願をしています。
（こちらは小売もしっかりカバー）
商願2017-165529
商願2017-165530
商願2017-165531
商願2017-165532
etc.
ホールフーズの登録商標と、Amazonの出願商標は、
類似と判断される可能性が高いので、
昔の基準で考えると、審査で拒絶の判断がくだされる可能性があります。
名義が異なる以上は、別人、他人と扱われるのが通常なのです。
ただし、昨年に審査の基準が変わりまして、
先に登録されてる商標の権利者と、
後に出願した商標の出願人との間に、
支配関係がある場合（親会社子会社とかの場合）は、
「他人」と扱わない、つまり、商標が類似してるからという理由で拒絶しない、ということになりました。
ここでいう「支配関係」というのは、
一方が議決権の過半数を持っているか、
あるいは、資本提携していて、事業活動においては、事実上支配下にある
といった場合があたります。
また、後に出願した方（ここではAmazon）が商標登録を受けることについて、先に登録されている方（ここではホールフーズ）が了解している証拠が必要になります。
ただし、注意が必要なのは、
先に登録されている商標と、後に出願した商標とが、
指定商品・役務も含めて同一の場合は、
後にした出願の登録が認められないということです。
同一の商標、同一の指定商品・役務については、
同一人であっても、認められませんので、ご注意ください。